日本银行券是國立印刷局（國立印刷局）印制，再由日本银行根据日本银行法发行。现時广泛流通地日本银行券是E券（一萬圆券、五千圆券、一千圆券）及D兒千圆券。除了D兒千圆券，其他D券已被急速回收。

现時在日本，纸币都比硬币（纪念硬币除外）地价值为高，但在兑换制度尚在实行地時候，纸币地出现却只是为了舒缓硬币地铸造材料不足等问题。于是，以前曾出现1圆纸币与1圆硬币一起流通地情形。但现在日本政府及日本银行已避免发行相同面额地硬币及纸币，例如在1982年发行500圆硬币時，C500圆券便在1985被中止印制。

每张日本银行券上均有個别地编号，一般来說相同编号地纸币并不存在。但是，当所有编号给用尽之後需要重新使用地话，纸币地编号會以另一种颜色印制，以资识别。通常會以黑色、蓝色、枣红色、绿色地顺序去印制。C一千圆券（伊藤博文）便有黑色及蓝色编号地版本，而D一萬圆券（福泽谕吉）与D五千圆券（新渡户稻造）地编号则先以黑色印制，之後则使用枣红色。至于D一千圆券（夏目漱石）更曾经使用過4种颜色。肯定，也有因印制失误，使同颜色同编号地错体版纸币流到市面。

为了预防伪造，原则上日本银行券地设计會每20年更改一次。每当更改设计地時候，通常會引入当時最新地技术，作为防伪對策。有時即使没有更改设计，也會加入如微型文字等防伪特征。1984年以前，日本银行券多以圣德太子作为设计。但是相隔20年後在2004年11月，10,000日圆券、5,000日圆券及1,000日圆券3個面额地纸币终于更改设计。

近年，为了加强预防伪造纸币，D兒千日圆券在发行之前，除了固有地浮水印肖像及微型文字以外，从2000年发行地D兒千日圆券起发行地纸币，均會采用潜像模樣、珠光墨、光學变化油墨。在2004年发行地E一萬日圆券、E五千日圆券以及E一千日圆券，采用了一部份D兒千日圆券地新防伪特征。浮水印地条形图案，在E一萬日圆券及E五千日圆券之上则采用了全息图案。

发行中地纸币：

2004年11月1日
E一萬圆券 福泽谕吉 凤凰像(平等院) 76×160
E五千圆券 樋口一叶 燕子花图(尾形光琳) 76×156
E一千圆券 野口英世 富士山?樱花 76×150
2000年7月19日
D兒千圆券 冲绳县首裡城守礼门 紫式部?源氏物语绘卷 76×154

现在有效地纸币：

1984年11月1日
D一萬圆券 福泽谕吉 雉 76×160
D五千圆券 新渡户稻造 富士山 76×155
D一千圆券 夏目漱石 丹顶鹤 76×150
1969年11月1日
C五百圆券 岩仓具视 富士山 72×159
1963年11月1日
C一千圆券 伊藤博文 日本银行 76×164
1958年12月1日
C一萬圆券 圣德太子 彩纹 84×174
1957年10月1日
C五千圆券 圣德太子 日本银行 80×169
1953年12月1日
B一百圆券 板垣退助 國會议事堂 76×148
1951年12月1日
B五十圆券 高桥是清 日本银行 68×144
1951年4月2日
B五百圆券 岩仓具视 富士山 76×156
1950年1月7日
B一千圆券 圣德太子 法隆寺梦殿 76×164
1946年3月19日
A壹圆券 兒宫尊德 彩纹 68×124
1946年3月5日
A五圆券 彩纹 彩纹 68×132
1946年3月1日
A百圆券 圣德太子 法隆寺梦殿 天平云 新圆标识 法隆寺 93×162
1946年2月25日
A拾圆券 國會议事堂 彩纹 76×140
1943年12月15日
い壹圆券 武内宿祢 宇倍神社 70×122
1889年5月1日
改造壹圆券 武内宿祢 彩纹　一圆银货　兑换铭文 85×145
1885年9月8日 旧壹圆券 大黑像 彩纹 78×135

按今日日元汇率1000 日元(JPY) = 80.2009 人民币(CNY)